Covid: destacan importancia de secuenciar el virus e identificar variantes que circulan en el Chaco

La secuenciación del virus SARS CoV2 permite, entre otras cosas, identificar las variantes existentes en las muestras analizadas. En el Chaco, el primer procedimiento fue concretado por profesionales del Instituto de Medicina Regional de la UNNE, sobre 12 muestras de pacientes chaqueños con Covid. Fue así como se identificaron las variantes Gamma (Manaos, 25% de las muestras) y Alpha (Reino Unido, 8,3% de las muestras). 

A menos de un mes de haber adquirido el secuenciador de ADN y ARN MinION Mk 1C, lo más avanzado que se utiliza hoy en el mundo para estudiar al SARS-CoV-2, el instituto de la UNNE se convirtió oficialmente en el octavo Nodo de Secuenciación del país, y continuará secuenciando muestras del Chaco y de la región.

El director del IMR-UNNE, doctor Luis Merino, explicó a NORTE que esta primera secuenciación se concretó con un total de 12 muestras de pacientes chaqueños, de las cuales tres fueron de la variante Gamma (P.1. Manaos) y una de la variante Alpha (B.1.1.7, Reino Unido). El resto fueron variantes comunes del virus, sin mutaciones.

De allí surgen los porcentajes del 25% de las muestras con la variante Gamma y 8,3% de las muestras la Alpha, un hallazgo coincidente con variantes ya reportadas por el Ministerio de Salud del Chaco. El trabajo de secuenciación demanda cuatro días. Es así como la tarea se inicia un lunes y el jueves surgen los resultados. 

“Los porcentajes no significan que esa proporción se mantenga en toda la provincia. Cuando hay más cantidad de población es más probable que la variante Gamma, que es más contagiosa, predomine”, explicó el científico. 

“Encontramos las variantes que están circulando. Y esperamos no encontrar ninguna nueva”, apuntó Merino. En este punto, señaló que la variante Delta (B.1.617.2, India) no fue detectada con circulación en la provincia, aunque resaltó que eso no significa que no esté presente. “Hay países que secuencian todos los pacientes, pero tienen muchos recursos y 50 equipos como el que tenemos en el Instituto. Nosotros tenemos que optimizar los recursos y sacarles el máximo provecho”, marcó. 

Más contagiosas 

Las variantes Gamma y Alpha “son consideradas de preocupación, porque son más contagiosas”, resaltó; aunque marcó que no está comprobado que sean “más virulentas, es decir que generen más daño”. 

En esa línea, habló de la mayor proporción de contagios en personas de menor edad: “La población mayor está en su mayoría vacunada y el virus tiene menos chances de producir daño, aunque sí se puede infectar. En cambio, los jóvenes están más expuestos, tienen mayor movilidad para trabajar o por cuestiones sociales, y no están vacunados. Entonces, el virus va encontrando el nicho favorable”. “Al haber más jóvenes infectados, puede haber más posibilidades de encontrar alguno con capacidad de enfermarse gravemente”, acotó. 

Asimismo, explicó que, a mayor circulación del virus en la población, son más altas las probabilidades que tiene de “mutar” y generarse así una nueva variante. “Por eso es importante vacunar lo más rápido posible”, subrayó. 

Por último, Merino destacó que “este trabajo no se agota en la secuenciación del virus”. “Una vez que estemos afianzados en el manejo del equipo, vamos a empezar a secuenciar otro tipo de patógenos que tenemos en la región y que forman parte de otros proyectos que trabajamos, como hongos, bacterias y parásitos”, adelantó. Marcó así que la tarea inicial con el equipamiento “tiene hoy contexto pandémico, pero su aplicación es más amplia”. 

 

Una vez que estemos afianzados en el manejo del equipo, vamos a empezar a secuenciar otro tipo de patógenos que tenemos en la región. 

 

Las muestras procesadas y su elección 

La cantidad de 12 muestras secuenciadas por semana se ajusta a la disponibilidad de recursos humanos del Instituto de Medicina Regional y de reactivos. “En lugares donde hay mucho personal se pueden procesar hasta 48 muestras en un día, cuatro veces más que nosotros que disponemos de un solo equipo y recién estamos empezando a usarlo”, comentó Luis Merino, acerca del procesamiento inicial de una cantidad acotada de muestras. “Esperamos que en el futuro podamos procesar más”, agregó. 

Acerca del criterio de selección de las muestras de pacientes de la provincia que el Instituto recibe de la cartera sanitaria chaqueña, precisó que se buscan personas que hayan llegado desde el exterior, otras que se hayan reinfectado y personas vacunadas que se infectan, para determinar si se contagiaron con la misma variante o con otra nueva. “A veces, para determinar si una variante circula en la población, el criterio de selección (de la muestra) es al azar. A eso siempre lo establece el Ministerio de Salud”, reveló. 

Recursos 

Por otra parte, Merino recordó que el secuenciador de ADN y ARN MinION Mk 1C que utiliza el Instituto para la secuenciación de muestras fue adquirido con un subsidio del Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación de Nación, aplicando recursos del Banco Interamericano de Desarrollo (BID). Además, destacó el apoyo de la Fundación Bunge y Born.  

En cuanto a los reactivos que son necesarios para procesar las muestras, el científico precisó que se adquieren con fondos del Instituto, del subsidio recibido y del Consorcio del Proyecto PAIS (Proyecto Argentino Interinstitucional de genómica de SARS-CoV2). 

Más detalles del procedimiento 

Antes de concretar la primera secuenciación local del virus, y desde el inicio de la pandemia, las muestras chaqueñas -así como las de toda la región y otras provincias argentinas- debían ser enviadas al Instituto Malbrán en Buenos Aires o a diferentes centros del Proyecto PAIS, para dicho procedimiento.

El logro es motivo de celebración para cada integrante del equipo del Instituto, que días atrás recibieron con gran alegría el dispositivo desarrollado en Reino Unido y que la UNNE pudo adquirir en virtud de un acuerdo con el Ministerio de Ciencia y Tecnología de la Nación.

“Primera secuenciación de SARS CoV-2 Nodo Chaco!”, celebró en sus redes sociales el doctor Horacio Lucero, quien encabeza el equipo que se ocupa de realizar este importante procedimiento.

Para alcanzar el objetivo, un grupo de profesionales del IMR ya se capacitó en el manejo del secuenciador. Los investigadores Ariel Amadio y José Matías Irazoqui del Centro Científico Tecnológico CONICET – INTA Rafaela, Santa Fe, brindaron la capacitación, que se repetirá durante los próximos dos meses para el resto del plantel del Instituto.

Del tamaño de un celular 

El doctor Lucero explicó cómo se utiliza el dispositivo del tamaño de un celular con el que se realiza el procedimiento de secuenciación. “Lo novedoso que tiene esta tecnología es que se prepara la muestra en una librería genética, en un tubo primero, y después, con una micropipeta, se siembra la muestra que ha sido preparada previamente, en un puerto de las floursers que son las que tienen las membranas con los nanoporos. Esas muestras pasan por un poro que tiene un tamaño de un nanómetro, que es justamente una millonésima parte de un milímetro. Una vez que atraviesa la molécula de ADN por ese nanoporo, produce un cambio de corriente eléctrica, que el software que tiene el mismo aparato lo interpreta como una secuencia nucleotídica. Entonces va armando la secuencia de nucleótidos que conforman la molécula de ADN”. 

“Ese es el mecanismo por el cual se produce la secuenciación del material genético que uno prepara y pone en este dispositivo”, agregó y destacó que lo novedoso también es la portabilidad del equipo, “y que trabaja con un poro muy pequeño”.

Cabe destacar finalmente, que el aporte de conocimiento sobre la naturaleza genética del virus en nuestra región mediante su secuenciación genómica permitirá comprender su evolución y permitir así estudios sobre antivirales y desarrollo de vacunas. 

Octavo nodo del país 

Hecho el primer procedimiento de secuenciación, el Instituto de Medicina Regional de la Universidad Nacional del Nordeste, se convirtió oficialmente en el octavo Nodo de Secuenciación del país. 

En el Nodo Chaco, que funciona en el Campus Resistencia de la UNNE, trabajan Bettina Brusés, Laura Formichelli, Griselda Oria, Melina Lorenzini Campos, Javier Mussin y Horacio Lucero.

La segunda ola en la provincia 

“Así como puede mejorar,  existe la posibilidad de empeorar”

“Así como esto puede mejorar, existe la posibilidad de que empeore”, definió el doctor Luis Merino al evaluar la situación epidemiológica en la provincia. En ese marco, hizo foco en la temporada invernal, de bajas temperaturas, marcando una ventaja y una desventaja. “Lo bueno es que la gente no se movilizará tanto como en el verano. Estará más en sus domicilios. La contrapartida es que pueden aparecer otras enfermedades respiratorias en conjunto”, resaltó, marcando la necesidad de continuar con los cuidados indispensables (uso de barbijo, higiene de manos y la distancia social) para evitar contagios de coronavirus y de otras enfermedades respiratorias.